Projekt obnove sponzorirali su Španjolci Cruz y Ortiz, izložbu je dizajnirao Jean-Michel Wilmotte, a obnovu je izveo Van Hoogevest Architecten. Zadatak arhitekata bio je prilagoditi glomaznu zgradu u glavnom toku eklekticizma, koju je 1885. izgradio Petrus (Pierre) Kuypers, za potrebe muzeja 21. stoljeća. Bujni interijeri odvlačili su pozornost s izložaka, nije bilo dovoljno prostora ni za izložbe ni za popratni program, bilo je nemoguće urediti stalni postav po jedinstvenom sustavu, i tako dalje.
Sada su svi eksponati od 12. do 20. stoljeća poredani u strogom kronološkom redoslijedu, po podovima odozdo prema gore, a kronologija je podržana shemom boja: boja na zidovima postupno svijetli dok se kreće prema gore, dosežući gotovo bijela u dvoranama moderne umjetnosti. Istodobno, svi su radovi raspoređeni na novi način, s izuzetkom najvažnijeg - "Noćne straže" Rembrandta, koja se vratila na svoje nekadašnje mjesto u "Počasnoj galeriji", gdje su se nalazili radovi Zlatne Izloženo je doba nizozemske umjetnosti.
Arhitekti su, prema već ustaljenoj shemi u muzejskoj gradnji, blokirali dva dvorišta zgrade staklenim krovovima, a također ih produbili do razine -1 kata, prethodno uklonivši kasnije dogradnje koje su ih zauzimale. Tada su ispod jednog dvorišta postavili gledalište, a pod drugo muzejsku trgovinu i kafić. Sama dvorišta pretvorila su se u prostrane javne prostore kojima se može pristupiti i bez kupnje karte. Njihovi zidovi tvore dvorišna pročelja muzeja, a nove su površine obložene kamenom svijetle boje. Antonio Cruz i Antonio Ortiz uzeli su u obzir pogrešku Normana Fostera, u čijem se dvorištu Britanskog muzeja bilo koji zvuk jasno čuje, pa čak i odjekuje, pa u muzeju Rijksmuseum buke prigušuju bijele rešetke s materijalom koji apsorbira zvuk ovješenim o stropove..
No, glavni problem arhitektima bio je spoj dvaju dvorišta u jedinstvenu cjelinu. Povijesna zgrada ima hodnik za pješake i bicikliste u središtu fasade, što omogućuje brzi prolazak kroz zgradu. Projektom obnove predviđeno je pretvaranje u glavni ulaz u muzej, objedinjavanje oba dvorišta, ali su se stanovnici pobunili, a sada je hodnik sačuvan u izvornom obliku, muzeju se može pristupiti kroz četiri mala ulaza, a postavljen je i podzemni prolaz ispod nje, međusobno povezujući dvorišta.
Muzej je zatvoren za obnovu 2003. godine, a trebao bi se otvoriti već 2008. Desetogodišnje razdoblje rada objašnjava se činjenicom da su se morali uložiti titanski napori za izgradnju podzemnih razina u tlu ispunjenom vodom Amsterdama i nije bilo izvođača za tako složen projekt. Inženjeri Arcadisa učinili su nove podzemne dijelove zgrade strukturno neovisnima od povijesne građevine, jer se polako smiruje. Stoga su prizemni hodnik i "počasna galerija" smješteni iznad podzemnog prolaza između dvorišta sada pretvoreni u "most" koji je visio preko njega. Iskopane jame odmah su se napunile vodom, pa su se za podvodne radove izlile posebnim betonom, a proces su kontrolirali ronioci.
Proračun projekta bio je 375 milijuna eura, ali uključuje i izgradnju zasebnog paviljona azijske umjetnosti, smještenog u središtu ribnjaka, adaptaciju parka u vrt skulptura po projektu Copijn Landschapsarchitecten (14.500 m2), izgradnja uslužne ulazne zgrade, rekonstrukcija povijesne škole crtanja (Teekenschool) kao muzejskog obrazovnog centra, kao i izgradnja zgrade muzejskih radionica u blizini Rijksmuseuma, spojene s drugom zgradom Kuypers - bivšim Zavodom za Sigurnost i zdravlje na radu.
Ali obnova muzeja još nije dovršena: ostao je otvoren tijekom trajanja obnove
krilo Philipsa sada će biti preuređeno u moderni privremeni izložbeni prostor. Autori projekta su također Cruz y Ortiz.
