Projekt je započeo još 2001. godine: 1999. godine nadzor nad Panamskim kanalom prebačen je sa Sjedinjenih Država na panamske vlasti, a istodobno se postavilo pitanje o novoj uporabi susjednih teritorija. Jedan od dijelova - koji je prethodno zauzimala američka zračna baza - dodijeljen je muzeju. Izgradnja je započela 2006. godine, ali Biomuseo je tek početkom ovog listopada otvoren za javnost - iako još ne u potpunosti: nekoliko dvorana i akvarij bit će spremni tek zimi 2016. godine.
Muzej bi svojim šarenim aluminijskim krovom trebao podsjećati na živahnu prirodu Paname, metalne krovove lokalnih koliba i povijesne građevine kanalske infrastrukture. Smještena na uskom poluotoku koji strši u zaljev, zgrada je vidljiva izdaleka i sama svojim posjetiteljima može ponuditi panoramski pogled na grad i pacifička "ušća" Panamskog kanala.
Trajanje gradnje muzeja, kojega su mještani prozvali "muzej koji nikada neće biti dovršen", između ostalog objašnjava i niska kvalifikacija lokalnih graditelja. Grubi beton podova i zidova morao je više puta ponovno izlijevati, a krov s tolerancijama od 6 mm također je predstavljao puno poteškoća.
Međutim, sada muzej nije samo uspješno izgrađen, već je gotovo u potpunosti ispunjen izložbom "Most života", koju je dizajnirao Bruce Mau. Smithsonian Institution u Washingtonu bio je odgovoran za znanstvenu stranu projekta, a Biomuseo je postao jedini muzej partner izvan Sjedinjenih Država.
Muzej je posvećen nevjerojatnoj prirodnoj raznolikosti Panamske prevlake: s površinom od 75.000 km2 dom je za više vrsta ptica, sisavaca, gmazova i biljaka nego u Sjedinjenim Državama i Kanadi zajedno. Uz to, izlaganje detaljno govori o procesu stvaranja prevlake koji je započeo prije 12 milijuna godina, a završio prije 3 milijuna godina. Njegov izgled promijenio je ekosustave i klimu na planetarnoj skali: umjesto jednog oceana, nastali su vrlo različiti Atlantik i Tihi ocean, Golfska struja "krenula" je iz novonastalog Karipskog mora, a Sjeverna i Južna Amerika ujedinile su se prvi put u 70 milijuna godine. Aktivna migracija životinja započela je duž prevlake, a relativno nedavno, prije 15 000 godina, prvi su ljudi prošli ovaj put od sjevera prema jugu.
Biomuseo, koji je koštao 95 milijuna dolara (ne računajući troškove još nedovršenih izložbenih dvorana), namijenjen je prvenstveno školarcima (tamo se planira dovesti 40 000 učenika godišnje na besplatne izlete) i turistima, budući da je terminal broda za krstarenje vrlo blizu. U idealnom slučaju, vlasti očekuju "efekt Bilbaa" od muzeja. Prema njihovom planu, trebao bi postati isti simbol grada Paname i države Panama, što je Utsonova opera postala za Sydney i Australiju.
