Zgradu je projektirao meksički arhitekt Michel Rojkind, od kojeg su vlasnici u početku tražili da dizajnira natkriveni prolaz između proizvodnih zgrada za posjetitelje tvornice.
No Rohkind je predložio da se tamo sagradi čitav muzej (međutim, izduženog plana i koji ima povezujuću funkciju). Sada, prije nego što vlastitim očima vide proizvodnju čokolade, promatrači, uglavnom djeca, moći će u malom gledalištu slušati povijest ovog divnog proizvoda, a zatim posjetiti muzejsku trgovinu. Nakon toga proći će dugim tunelom do tvorničke radionice.
Zgrada površine 634 m2. m doseže 300 m duljine i vijuga teritorijom industrijskog kompleksa, poput golemog svijetlocrvenog čudovišta. Sam ga arhitekt uspoređuje sa skulpturom od origami papira, svemirskim brodom ili "halbrihom" - fantastičnim bićem meksičkog folklora. U unutrašnjosti je većina soba u potpunosti bijela, osim "kazališta" s podovima od zelenih tepiha i sjedećim pločicama s čokoladom.
Muzej je projektiran i izgrađen u samo dva i pol mjeseca; za to su arhitekti i radnici morali raditi danonoćno, dijeleći svaki dan u tri smjene od po osam sati.
