Muzej će se pojaviti u ulici Valovaya, u blizini kanala Raduni - u slikovitom i nenapučenom kutu Starog grada. Ovo je mjesto izuzetno značajno i za poljsku i za europsku povijest. U blizini predratnog razdoblja, kada je Gdansk nosio ime "Slobodni grad Danzig" i bio neutralni teritorij pod nadzorom Lige nacija, postoji poljski poštanski ured. U međuratnom je razdoblju bila jedna od dvije poljske državne institucije u gradu (druga je bila Vojno tranzitno skladište na poluotoku Westerplatte). Stoga je pošta 1. rujna 1939., prvog dana Drugog svjetskog rata, postala jedan od glavnih ciljeva nacističkih trupa i, unatoč herojskom otporu poštanskih djelatnika (neki su poginuli u borbi ili kasnije umrli od rana, ostale su pogubili nacisti), zarobili su ih. Sada se u zgradi, zajedno s poštom, nalazi muzej, a obližnji trg nazvan je po braniteljima poljske pošte. Muzej Drugog svjetskog rata, koji bi trebao biti otvoren 2014. godine, godine 75. godišnjice svog početka, nadopunit će ovo spomen mjesto.
Odluku o tome koji je projekt muzeja vrijedan provedbe donijeli su predsjednik žirija, zamjenik gradonačelnika Gdanjska Wieslaw Bielawski, poljski arhitekti Grzegorz Bucek, Wieslaw Chabanski i Wieslaw Gruszkowski, predstavnici međunarodne arhitektonske zajednice Daniel Libeskind, Hans Stiman i George Ferguson, kao i povjesničar Wojciech Duda, direktor Londonskog muzeja, britanskog poljskog podrijetla Jack Lohman i dizajner Andrzej Pongowski. Članovi žirija pregledali su ukupno 240 projekata iz 33 zemlje.
Nagrade su dodijeljene sedam sudionika koji su dijelili nagradni fond od 200 tisuća eura. Tri glavne nagrade odnijeli su biro Kwadrat (njegov će se projekt provesti), poljska radionica Piotr Płaskowicki & partnerzy, odnosno grčki arhitekti Betaplan. Također novčane nagrade dobili su bugarski, turski i dva poljska ureda.
U proljeće 2010. službena web stranica budućeg muzeja objavila je apel Donalda Tuska konkurentskim arhitektima. Poljski premijer sugerirao je da će "koncept muzeja i njegov daljnji razvoj uvelike ovisiti o arhitektonskom obliku". Tako se i dogodilo: Jacek Droszcz, voditelj studija Kwadrat, doista je u svom radu uspio djelomično predodrediti odluku muzejskog izlaganja. U intervjuu za poljske novine Gazeta Wyborcza Trojmiasto, govorio je o simbolici svoje verzije muzeja: budući će posjetitelji pregledati izložbu, počevši od podzemnog dijela ("to je poput pakla generiranog ratom") i završavajući s toranj s pogledom na panoramu obnovljenog grada Gdanjska. Vrijeme i prostor ovdje su temeljne kategorije. Zastrašujuće putovanje kroz vrijeme započinje u tamnici; posjetitelj muzeja vraća se modernosti tek nakon uspona na tlo. Kula na kraju izložbe simbolizira budućnost koja zamjenjuje prošlost i sadašnjost.
Žiri je primijetio da zgrada, koju je dizajnirao studio Kwadrat, čini posjetitelja osjećajem užasa rata, ali, istovremeno, ne oduzima mu nadu u budućnost. Složena tema, prema stručnjacima, ispravno je otkrivena. Vrijednost zgrade poboljšana je zbog njene svestranosti; tako da je toranj muzeja potpuno konstruktivan izum: postat će prekrasna promatračnica. Prostor muzeja stvoren je ne samo da govori o prošlosti, već je, u jednakoj mjeri, postao mjesto razonode za stanovnike i goste modernog Gdanjska.
Zanimljivo je primijetiti da se na samu činjenicu izgradnje muzeja u početku gledalo dvosmisleno. Primjerice, predstavnik regionalne zaštite spomenika, Marian Kwapiński, izrazio je zabrinutost zbog zaštite povijesne zone grada, ali uspješan projekt uspio je otkloniti sve sumnje.
Arhitekti drugoplasiranog Piotra Plaskowickog i partnerzyja rekli su da je njihov muzej više "anti-zgrada". Prema njihovom projektu, na obali kanala nalazi se masivan duboko crveni zid s oštrim zubima na vrhu, uz njega je paralelepipedni paviljon koji mu je u kontrastu. Ova su dva elementa međusobno odvojena natkrivenim prostorom - pješačkim šetalištem. Ovaj projekt nije ništa manje simboličan od osvajača prvog mjesta. Žiri je u njemu vidio preokret povijesnih razdoblja - vojnog i modernog, priču o razaranju i oživljavanju.
Ideja radionice Betaplan temelji se na pravokutniku podijeljenom u nekoliko fragmenata. Izmislili su novi oblik, stavljajući dijelove izvornog pravokutnika slučajnim redoslijedom na međusobnu udaljenost. Rezultat su zgrade, povezane zajedničkim preklapanjem, čineći platformu: posjetitelji se na nju mogu popeti. Žiri je visoko cijenio Muzej grčkog ureda zbog činjenice da su njegovi autori uspjeli "osjetiti" Gdansk i uspješno uklopiti zgradu u gradski krajolik. No, pokazalo se da je to nedovoljno, jer je ova opcija dosegla samo urbane razmjere, a organizatori žele od budućeg muzeja napraviti uistinu nacionalnu, pa čak i sveeuropsku instituciju.
Prema Gazeti Wyborcza Trojmiasto, 4. siječnja 2011. usvojena je rezolucija o financiranju projekta Muzeja Drugog svjetskog rata. Za njegovu izgradnju i uređenje utrošit će se 358 milijuna zlota (oko 120 milijuna dolara). Danas se muzej smatra prioritetnom zgradom: to znači da će mu se i u teškim postkriznim vremenima pridavati prioritetna pažnja, jer će muzej posvećen ratu i dalje biti povezan s prevladavanjem prepreka na bilo koji način i oživljavanjem.
